Γεννήθηκε ἀπό φτωχούς ἀλλά εὐσεβεῖς γονεῖς στά Βρύουλα ἤ Βοῦρλα, πού ὑπάγονταν στήν Μητρόπολι τῆς Ἐφέσου, καί ὠνομαζόταν Νικόλαος. Ἔμεινε ὀρφανός ἀπό πατέρα καί 17 ἐτῶν μπῆκε μέ μισθό στήν ὑπηρεσία κάποιου ἀγᾶ. Μαζί μέ ἄλλους ἕξι νέους χριστιανούς ἐξαπατήθηκε ἀπό τούς Τούρκους καί ἐξισλαμίσθηκε, διότι πίστεψαν, ὅτι οἱ γονεῖς τους πέθαναν ἀπό κάποια ἐπιδημία, ὁπότε οἱ κάτοικοι σκόρπισαν στήν ὕπαιθρο, γιά νά ἀποφύγουν τήν μόλυνσι. Ὅταν ὅμως ὁ Νικόλαος γύρισε στά Βοῦρλα, πληροφορήθηκε, ὅτι ἡ μητέρα του ζοῦσε καί ἔτρεξε μέ χαρά κοντά της. Ἡ εὐσεβής μητέρα, ὅταν εἶδε μέ τούρκικα ροῦχα τόν υἱό της, τόν ἔδιωξε λέγοντάς του, ὅτι ἐγώ δέν γέννησα Τοῦρκο, ἀλλά Νικόλαο Χριστιανό. Τότε ὁ Νικόλαος κατάλαβε τό ἁμάρτημά του καί μετά ἀπό ἕνα ταξίδι στήν Σμύρνη, ὅπου ἦταν ἕνας θεῖος του ναυτικός, τοῦ ἔδωσε ροῦχα καί μετέβη στήν Κωνσταντινούπολι καί ἀπό ἐκεῖ πῆγε στήν Βλαχία, ὅπου μετά ἀπό μικρή παραμονή ἐπέστρεψε καί πάλι στήν Σμύρνη, ὅπου ἐξωμολογήθηκε σέ ἕναν Ἁγιορείτη μοναχό καί μέ τήν εὐλογία του πῆγε στό Ἅγιον Ὄρος.
Ἐκεῖ κατέληξε στήν Σκήτη τῆς Ἁγίας Ἄννας, ὅπου ὁ συμπατριώτης του μοναχός Δανιήλ στήν συνοδία τοῦ Γέροντος Στεφάνου τῆς καλύβης τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου τοῦ Θεολόγου, τόν δέχθηκε μέ καλωσύνη καί κατόπιν τῆς ὑποδειγματικῆς του πολιτείας, ἔγινε μοναχός μέ τό ὄνομα Νεκτάριος. Ἀλλ’ ὁ πόθος τοῦ μαρτυρίου ἔκαιγε μέσα στήν καρδιά του. Ἔτσι μέ τίς εὐλογίες τοῦ πνευματικοῦ του ἔφυγε, νά μαρτυρήση, σέ ἡλικία 22 ἐτῶν, μέ τήν συνοδεία τοῦ Ὁσιωτάτου χειραγωγοῦ του Στεφάνου. Ὅταν ἔφθασαν στήν πατρίδα τους τά Βοῦρλα, ὁ Νεκτάριος παρουσιάσθηκε στόν κριτή καί ἀφοῦ ἔρριξε τό φέσι του κατά γῆς εἶπε: "Πᾶρτε τά σημάδια τῆς πίστεώς σας, ἐγώ χριστιανός Νικόλαος γεννήθηκα καί χριστιανός θέλω νά πεθάνω". Ὁ δικαστής τόν ἄφησε ἐλεύθερο, γιά νά τό σκεφθῆ καλλίτερα. Τήν ἄλλη ἡμέρα παρουσιάσθηκε ξανά κινούμενος ἀπό τήν ἴδια ἀπόφασι καί ὡδηγήθηκε στόν ἀντικαταστάτη τοῦ διοικητῆ, πού πρόσταξε νά τόν φυλακίσουν. Ἔμεινε ἐκεῖ πέντε ἡμέρες μέ τά πόδια σφιγμένα στήν μέγγενη, ἱκετεύοντας μέ δάκρυα τόν Κύριο καί τήν Θεοτόκο νά ἐκπληρώσουν τόν πόθο του καί ἀποκρούοντας ὅλες τίς προσπάθειες νά τόν φέρουν πίσω στίς ἀπολαύσεις αὐτοῦ τοῦ κόσμου. Ὅταν γύρισε ὁ διοικητής, ὁ ἅγιος παρουσιάσθηκε καί ἐπέδειξε τήν ἴδια σθεναρή στάσι. Τόν ἔστειλαν πίσω στήν φυλακή, ὅπου οἱ ἱερεῖς κατάφεραν νά φθάση σέ αὐτόν ἡ θεία Κοινωνία, ἐνῷ οἱ χριστιανοί προσεύχονταν γιά τήν ἐπιτυχία του. Ἐνισχυμένος μέ τό φάρμακο τῆς ἀθανασίας, ὁ Νεκτάριος ὑπέμεινε ἀγόγγυστα τά βασανιστήρια καί στήν ἔσχατη ἀνάκρισι ἐνώπιον τοῦ δικαστῆ ἀπάγγειλε τό Σύμβολο τῆς Πίστεως καί μέ χαρά δέχθηκε τήν θανατική ποινή. Φθάνοντας στό παζάρι, γονάτισε μόνος του· ὁ δήμιος ὅμως ἀστόχησε καί τοῦ ἔκοψε μόνο ξώφαλτσα τόν αὐχένα. Καθώς ὁ ἄνθρωπος ἔστεκε ἄναυδος καί παραλυμένος, ὁ Νεκτάριος τοῦ φώναξε στά τουρκικά: «Τί περιμένεις; Δέν θά κτυπήσης;» Ἔσπευσε ἀμέσως ἕνας ἄλλος δήμιος, πού ρίχνοντας κάτω τόν ἅγιο τοῦ ἔκοψε τό κεφάλι (11 Ἰουλίου 1820).
Οἱ παρευρισκόμενοι χριστιανοί διατάχθηκαν νά πετάξουν τό σῶμα του σέ ἕνα ξεροπήγαδο καί νά τό γεμίσουν πέτρες. Λίγα χρόνια ἀργότερα ὁ Δανιήλ κατάφερε νά περισυλλέξη ἕνα μέρος τοῦ τιμίου λειψάνου πού ἔφερε στό Ἅγιον Ὄρος, ἐνῷ ἡ μητέρα τοῦ Ἁγίου, πού στάθηκε ἡ αἰτία τῆς μεταστροφῆς του, φύλαξε ἀπό αὐτό ὠρισμένα κομμάτια.